细菌、病毒等接触手术切口，进入体腔，引发术后感染，轻则发烧，重则死亡。以往医生用抗生素消炎，有一定副作用，现在医用净化公司建设了净化手术室，使得术后感染率大幅下降，术后感染率从8.9%下降为0.26%。手术室越干净，术后感染率越低。
洁净手术室中的污染源有外部污染和内部污染，来自外部的污染源主要是送到手术室的新风。具统计室外空气中的细菌和微生物的数量大约为1-1000个/英尺3，而且这些细菌和微生物大多都附着在灰尘粒子上。因此，医用净化公司安装空气净化系统，空气过滤后再送入手术室，避免了外源污染。
净化手术室内部的污染源，主要是手术的医生和护士、手术的患者以及手术过程的产菌产尘。他们的衣服、皮肤和呼吸都会产生大量的尘埃和细菌，因此，医护人员在进入洁净手术室前，要全部更换手术室专用的服装、帽子、口罩和鞋，并做好洗手工作。此外，医用净化公司还提供了风淋室，医生必须经过吹淋。手术室内多一个人便多了一个污染源，因此人数不宜太多，尽量减少走动。
交叉污染是传统手术室的弊端之一。医用净化公司在建设净化手术室时，会设计合理的空间布局，手术室的更衣室、洗手间、器械清洁间、无菌器械间及敷料间等，应分别安置在合理的作业线上，使其符合污染、清洁与无菌的分区。严格执行洁污分流，以保证手术室空气的洁净度及手术流程的需要。
净化手术室的清洁工作有着特殊要求，手术间、无影灯、手术床、器械车、壁柜表面及地面在每天手术前后用清水、消毒水各擦拭一次，手术人员的拖鞋每日清洗消毒一次。每周各手术间的墙壁、地面手术用品进行一次严格的消毒。
洁净手术室，重在建设，使用也很重要。许多医院投入巨资，实施医用净化工程，建设了洁净室，但在使用过程中不按规范操作，致使洁净手术室使用期限缩短，没有发挥应有的效果，是不可取的。